Voor Model-Based Design geeft R2009b Simulink gebruikers de mogelijkheid om ontwerpvarianten in modellen vast te leggen en te wisselen tussen modelbrede configuraties om zo ontwerpalternatieven beter te beheren en hergebruiken. Ontwikkelaars hebben nu de mogelijkheid om 'embeddable' codes te simuleren en genereren uit Matlab-programma's en Simulink-modellen die 'arrays' bevatten die in de tijd dynamisch van grootte kunnen veranderen. Ook zijn er nieuwe kant-en-klare PID-regelaarblokken die automatisch getuned kunnen worden voor een sneller ontwerp en verificatie van deze vaak gebruikte regelaars. De Real-Time Workshop Embedded Coder zorgt voor efficiëntere codegeneratie voor toepassingen voor signaalverwerking met minder gebruik van tussenvariabelen en geoptimaliseerde matrixbewerkingen.